引用文獻被查重系統識別，通常不會對論文產生直接的負面影響，但具體影響取決于論文查重系統的具體設置、學校的規定以及論文的引用方式和比例。

從正面來看，正確的引用和標注文獻是學術誠信的重要體現。查重系統能夠識別出這些引用，并在查重報告中顯示出來，這有助于證明作者尊重他人的研究成果，并遵循了學術規范。通過引用權威文獻，作者能夠為自己的論點提供有力的支持，從而增強論文的可信度和說服力。這些引用內容在查重時被識別，也進一步證明了論文內容的可靠性和科學性。

從中立的角度來看，如果引用內容過多或引用方式不當，可能會導致論文的重復率上升。然而，這并不意味著學術不端，因為查重系統通常會區分引用部分和抄襲部分。在某些情況下，即使引用是合理的，但由于查重系統的局限性或學校的特殊規定，作者可能仍需要向評審委員會或導師提供額外的說明，以證明引用的合理性和必要性。

當引用文獻被查重時我們要注意規避其負面影響，遵循學術規范，合理控制引用比例，避免過度引用。確保引用的文獻在文中得到了正確的標注和引用格式的規范。這有助于查重系統準確識別引用部分，并降低誤判的風險。

在提交論文前，了解所使用的查重系統的具體設置和規則，以便更好地應對可能出現的重復率問題。如果查重報告中出現了不合理的重復部分或誤解，及時與導師或評審委員會溝通，并提供相關證據進行說明。

引用文獻被查重系統識別本身并不一定是壞事，關鍵在于作者如何正確處理查重報告中出現的問題，展現出良好的學術素養和誠信態度。